شهدت مدينة البيرة تطوراً معمارياً ونشاطاً اقتصادياً في الفترة الأيوبية، ومن أهم المعالم المعمارية في تلك الفترة المسجد الأيوبي أو المسجد العمري الذي يقع جنوب كنيسة العائلة المقدسة أو كنيسة الافتقاد.
ويتكوّن المسجد العمري من غرفة واحدة أبعادها(5،5*60،7متر) ويعلو غرفة المسجد عقد ذو شكل برميلي، وفي الجهة الجنوبية منها يقع المحراب ،أمّا في الجهة الشمالية لغرفة المسجد فيقع المدخل الذي يعلوه نقش، في ستة أسطر، وكُتب بالخط النسخي الأيوبي وتوجد خطوط فاصلة ما بين الأسطر إضافة إلى إفريز يحيط بالنقش، هنالك كسر كبير في حجر النقش، وفقدان للزاوية اليسرى الجنوبية، وبالتالي فقدان بعض الكلمات في آخر النقش.
ومع مرور الوقت شهد المسجد عمليات توسعة وبناء وتطوير في مكتبته التي تضم المئات من الموسوعات والكتب الدينية الثمينة.
كما شملت التوسعة مصلى النّساء الذي يقع في الجهة الجنوبية الشرقية من المسجد.